Killzone 3 директно продължава историята на предишната част от сагата на Guerrilla Games. Играчите отново влизат в ролята на Sev и Rico, които вече са унищожили жестокия император на планетата Helghast - Visari. За съжаление след неговото убийство, войната съвсем не е завършила и планетата е децентрализирана в един свят на политически интриги и убийства. Сега двама от най-опасните мъже на Helghast се борят за пълна доминация, изкривявайки напълно вече пропадналата визия на убития Visari. От своя страна без никакво подкрепление и ресурс, двамата войника на ISA, трябва да се опитат не да спечелят войната, а да оцелеят!